Dopo il periodo crociato, dove si aveva un episcopato, la Chiesa Cattolica di rito latino tornò a Tarso con i frati cappuccini. Nel 1842 dalla Georgia arrivò qui p. Basilio da Novara. Egli sosteneva l'importanza di una presenza in questa città dove ebbe i natali S. Paolo così come era importante essere presenti ad Antiochia (lo stesso p. Basilio fu martizzato in quest'ultima città nel 1851). La chiesa dei cappuccini a Tarso fu aperta fra il 1844 ed il 1846, e con questa da prima fu fatta una casa per i frati (attualmente il luogo di questi due edifici non è identificato). La missione fu fondata da P. Giuseppe da Genova il quale, abbandonata la carica di Prefetto Apostolico di Siria, spostò la sfera di apostolato verso la Cilicia. Da Tarso poteva anche assistere le vicine comunità cattoliche di Mersina e di Adana.
Tutto questo si realizzò anche con l'appoggio del console francese, residente a Tarso, dal quale dipendevano queste questioni. Egli inviò alla Congregazione Propaganda Fidei una dettagliata relazione sui cattolici della zona: nessun cattolico indigeno; soltanto pochi ivi residenti per ragioni di commercio. In Tarso 36 cattolici su una popolazione di 6000 abitanti, in Adana 20 su 30.000 abitanti: In Mersina (chiamato villaggio o borgo nascente) 5 cattolici su 1000 abitanti: zona malarica e povera.
Tuttavia Tarso è la città più importante della Cilicia e del sud della Turchia e sede di tutte le rappresentanze consolari. Viene scelta come sede principale della missione con possibilità di spostamenti appunto verso Adana e verso Mersina.  Dal 1939, da quando cioè l’Hatay passò sotto l’amministrazione della Turchia, la chiesa di Tarso fu legata al Vicariato Apostolico di Costantinopoli per il quale il Delegato Apostolico aveva responsabilità sui cattolici latini (allora diretto da Mons. Angelo Roncalli).

La chiesa cattolica di San Paolo (XII secolo)

Il 17 settembre 1943 la stazione missionaria di Tarso (convento e chiesa) viene chiusa per ordine delle autorità civili e militari del luogo e il 25 ottobre dello stesso anno ne vengono incamerati tutti i beni annessi, inclusa il complesso della chiesa (non c'erano i soldi necessari per far fronte al Varlik Vergisi, cioè il riscatto dei beni immobili stranieri). P. Paul Labaky parroco a Mersina, libanese, si occupava anche della chiesa di Tarso e trasportò a Mersin gli arredi sacri fra i quali i quadri di P. Pietro e S. Paolo che adesso si trovano nella chiesa di Mersina. Anche la casa delle Suore, i collegi maschile e femminile, che vi furono costruito decenni prima, nell’agosto del 1943 furono soppressi dalle autorità Turche. Per poter celebrare la messa nella chiesa bisogna chiedere il permesso alle autorità civili. Per meritò dell'Associazione Eteria fu recuperata allora un'altra chiesa dedicata a San Paolo e risalente al perido crociato. Dagli anni '90 in questa chiesa si sono tenuti importanti Simposi sulla figura di Paolo di Tarso. Le autorità turche hanno perfino fatto si che la chiesa fosse restaurata alla condizione però che essa sia in realtà un museo dove per celebrarvi la messa sia richiesto un appostio permesso.

Fotogrammi dei Simposi di S. Paolo a Tarso e delle cellebrazioni liturgiche

Nel 1994 mons. Franceschini, vescovo locale, che allora risiedeva a Mersina, fa venire le Figlie della Chiesa ad abitare in città. Agli inizi degli anni 2000 cercò anche di creare due spazi abitativi perché le suore potessero risiedere in prossimità della chiesa ma questi due edifici gli furono abbattuti, con la solita politica, in fase di costruzione.