Gli anni sotto l'inluenza siriaca

I Carmelitani Scalzi arrivarono a Alessandretta (Iskenderun) nel 1858 ed iniziarono la costruzione della chiesa consacrata con il nome di Chiesa dell'Annunciazione. Dopo un disastroso incendio la chiesa fu completamente restaurata (1888-1901) e riaperta di nuovo al culto.
Per oltre 40 anni, dal 1871, vi fu parroco il P. Paolo Pergantino della Provincia Religiosa Toscana: fu lui ad adoperarsi alla costruzione del la chiesa. Le attività della Missione consistevano in una vita parrocchiale con scuola, tipografia, ospedale, dispensario, organismi civili e sportivi.
Nel periodo che va dal 1858 al 1914 i Padri si meritano la medaglia d'argento e d'oro dal Governo italiano. Generazioni di musulmani hanno gradito il lavoro religioso, assistenziale e gli sforzi di promozione umana e culturale del Carmelitani. P. Paolo Pergantino fu tenuto in grande stima da tutta la popolazione di Alessandretta, operò un bene immenso a pro delle anime ed incoraggiato ed aiutato dal venerando Prefetto Apostolico di quel tempo, P. Emanuele della Croce, potè costruire una vasta chiesa che è una delle più belle della Siria.
In Alessandretta, annesso alla chiesa, sorse anche un conventino per abitazione dei Padri, più tardi scuole maschili dirette dai nostri Padri e due scuole femminili dirette la prima dalle Suore di S. Giuseppe dell'Apparizione, la seconda dalle Suore Carmelitane di Campi Bisenzio.
Iskenderun in quegli anni era sotto il protettorato francese per poi passare nel 1911 sotto quello italiano, dal 1920 al 1938 di nuovo sotto quello francese cercando di essere rivendicata dalla Siria. Alla fine passò alla Repubblica Turca così come è ancora oggi.
This church was also situated in the Catholic area and during this period, years '30, was abandoned by the French Catholics. They thought that the priests of this Italian parish were making fascist militants, which they did not indeed appreciated. So, on Sunday they assisted at the Mass which was celebrated in the chapel of the Brothers of Christian Schools. A priest from the Italian parish, Father Allard, celebrated this Mass. His deep voice has remained famous in the annals of the city.

Sotto la repubblica Turca

Con l'annessione di Iskenderun alla Turchia, nel 1939, iniziò a cambiare la situazione politico-religiosa di questa missione. Seguendo le disposizioni del Vicario-Delegato Apostolico, Mons. Angelo Giuseppe Roncalli, i carmelitani rimasero lì, afrrontando molti sacrifici. Godettero sempre dell'apprezzamento della popolazione. Tuttavia il cambiamento politico originò l'emigrazione dei cristiani per cui venne meno l'attività, soprattutto scolastica, svolta dai religiosi e religiose. Intanto però nella parrocchia affluivano vari cristiani di altri riti o di altre chiese rimasti sprovvisti di un'altra asistenza spirituale.
Alla diminuzione dei cattolici in quella regione si è aggiunta la scarsità di vocazioni. La presenza carmelitana a Iskenderun venne ridotta al minimo. Questa situazione mosse il Consiglio Provinciale a porre il futuro della Missione nelle mani del Definitorio Generale. Dietro proposta del P. Generale la parrocchia venne lasciata ai Padri Cappuccini della Provincia di Parma, che hanno una consistente presenza in Turchia e si sono mostrati disposti a farsi carico della parrocchia carmelitana di Iskenderun. La Congregazione delle Chiese Orientali ha dato, da parte sua, il consenso a questo passaggio.
Nell 1984 quindi i carmelitani lasciarono la chiesa aii cappuccini. I Cappuccini nel 1999 lasciarono l'amministrazione del complesso al Vescovo dell'Anatolia per farvenese la sua nuova residenza e Cattedrale. Dopo circa un secolo la chiesa è stata nuovamente restaurata da Mons. Luigi Padovese, Vicario Apostolico dell'Anatolia, per poter essere consacrata e usata come propria cattedrale (17 aprile 2005).